U početku je cilj inkvizicije bio sljedeći - iskorijeniti herezu. A inkvizitori navodno nisu željeli ništa drugo. Međutim, da bi iskorijenili jeres, trebali su iskorijeniti jeretike. A da bi se iskorijenili jeretici, bilo je također potrebno iskorijeniti njihove pristalice i branitelje.
To se može učiniti, prema učenjima crkve tog vremena, na dva načina:
- prelazak na pravu vjeru (katoličanstvo);
- spaliti tijela jeretika u pepeo.
Inkvizicija je koristila obje metode. Često istovremeno.
Prethodna istraga
Ovaj postupak započeo je odmah nakon što je osoba osumnjičena za herezu, koja bi se mogla zasnivati na bilo kakvom otkazivanju. Pored inkvizitora, preliminarnoj istrazi uvijek su bili prisutni sekretar i dva monaha. Njihova je uloga bila nadgledati svjedočenje i osigurati da je svjedočenje pravilno zabilježeno.
Sama istraga sastojala se od samo jedne jednostavne akcije: pozvani svjedoci su intervjuirani na temu denuncijacije kako bi se utvrdilo slažu li se s tim. A ako je barem jedan od svjedoka potvrdio svoj pristanak, osumnjičeni za herezu je uhapšen.
Ispitivanje i suđenje
Ispitivanje, zasnovano na upotrebi prilično okrutnog mučenja (stalak, "španska čizma", mučenje na vodi i tako dalje), imalo je za cilj samo jedan cilj - priznanje. A ako osoba nije mogla izdržati i priznala barem jednu od jeresi koje su joj se pripisale, tada je automatski postala kriva za sve ostale.
A osim toga, heretik se nakon priznanja više nije mogao braniti: vjerovalo se da je njegov zločin dokazan. Nakon toga, inkvizitore je zanimalo samo jedno - da li se optuženi želi odreći hereze. Ako je pristao, crkva se pomirila s njim nakon nametanja pokore. Ako je odbio, bio je izopćen.
I u oba slučaja, jeretik je predan svjetovnom sudu zajedno s kopijom presude i sljedećom frazom: "neka bude kažnjen prema svojoj pustinji", što je u stvari značilo, naravno, smrt.
Auto-da-fe
U ovom stanju stvari, svjetovni sud bio je samo formalnost, nakon čega je jeretik poslan na lomaču. Inkvizitori, kao ministri crkve, sami nisu mogli da osude na smrt, pa su stoga tu tužnu dužnost predali sekularnim vlastima.
Optuženi je, ako se odrekao jeresi, dobio posljednju milost - krvnik ga je zadavio posebnim konopom prije nego što je izbio požar. Onaj koji je ustrajao u herezi živ je izgorio.
